在經歷過黑暗之主搶奪智慧武器那一戰過後，新幻影忍者城已經滿目瘡痍，到處都瀰漫著灰塵和硝煙，人民過的那叫一個苦不堪言。
但是，即使困難，但也還要生活。
就好比現在，有一個人，趁著四周都沒有完好的電子裝置，悄悄來到一個自動售貨機面前，投入幾塊硬幣，就等著吃的從視窗掉出來。
但讓他沒想到的是，那個自動售貨機的視窗居然是自動的，從窗口裡面伸出了一隻機械手臂，正死死拿著他剛買的零食，無論那個人怎麼用力扯，機械手臂就是不放開他的零食。
就在這時，一架懸浮噴氣機飛了過來，上面的紅外線掃描器對著那個人掃了一下，發現他不是目標人物，然後就飛走了。
“報告，第17區搜查完畢，沒有發現忍者的蹤跡，現在準備前往下一個區域。”
在懸浮噴氣機的駕駛位上，一個黑色的機械忍者正在透過通訊系統對著上級報告。是的，這正是以贊作為藍本複製出來的克隆體——機械忍者，但他們並不是幻影忍者那一方的，相反，他們是在為黑暗之主效力。
而機械忍者的創始人，此時正在博格大廈的研究室裡，提取著一些“特殊”的安保機器人身上的能量。因為這些安保機器人都曾被黃金忍者淨化過。
“開始提取能量。”
“準備，復原。”
琵克莎將提取出來的黃金能量，儲存到一個特殊的容器裡面。
然後再透過另一個裝置，將儲存到的黃金能量轉化為一種特殊的電波，向著存放在地上的一個黑色棺材裡面照射。
那具黑色棺材的蓋子開啟，露出了深邃的黑暗，彷彿看一眼就會被吸入無盡的深淵當中。
“太好了，太好了！”黑色棺材裡面傳來的黑暗之主的聲音，在電波的照射下，黑暗之主的身軀已經初具人形，只需要幾個小時這種程度的照射，黑暗之主就能完全復活。
可是，僅僅過了2分鐘，電波的照射就完全中斷了，這讓黑暗之主很是憤怒。
“還不夠！這點兒力量遠遠不夠！我需要黃金忍者的能量，才能從這個可惡的電子監獄中掙脫出來！”
這時，從黑色棺材裡面飄出來了一縷微小的黑暗能量，他在半空中緩慢的飄著，然後鑽入了一個機械裝置的體內。
“我已經厭倦了待在這裡，我要我自己的身體，快給我去找黃金忍者！”黑暗之主操控著那個機械裝置走了出來，定睛一看，那居然是博格的機械坐騎，而上面，還坐著被改造過後昏迷不醒的博格。
“快去呀，為什麼你還在這裡？”剛出來黑暗之主，對著琵克莎憤怒的吼道。
“可是，經過我的推算，你現在的首要目的，是找回智慧武器，那是唯一能消滅你的……”琵克莎本想冷靜的給黑暗之主分析目前的局勢，可等她的話還沒說完，黑暗之主就憤怒的打斷了。
“住口！那群忍者根本不知道自己手上拿的是什麼東西，我要的是黃金忍者！”
“但是，現在並沒有忍者的訊息。”
“你複製出來的那群蠢貨，根本不知道自己要找的是什麼！”
黑暗之主說完後，就轉身往後面走去，因為後面有一個被囚禁起來的特別重要的犯人。
他此刻被捆在椅子上，腦袋上還連線著一個特殊的儀器，這時天花板上突然照射下來一束強烈的光，晃的他睜不開雙眼。
“我絕對不會告訴你他們在哪兒的！”吳大師斬釘截鐵的說道。
“你或許不會，但是你的記憶可不會騙人。”黑暗之主興奮的啟動旁邊的一個開關，然後從一旁的儀器上射下一道細小的藍色光束，正中吳大師的眉心。
“嘻嘻，好癢啊！”吳大師有些不安分的活動脖子，但此刻，他所有的記憶，全都一覽無餘的展現到了另一邊的超大顯示屏上。
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